Para que funcione el webmail en los alias de un dominio, es decir, que funcione la URL "webmail.bonaval.es" como alias de "webmail.bonaval.com", hay que meterlos manualmente en el Plesk.
Al generar el webmail de un dominio se genera un fichero en "/etc/psa-webmail/horde/conf.d/" donde se indica el alias de webmail de ese dominio. La configuración del webmail para apache la tenemos en " /etc/apache2/conf.d/zzz_horde_vhost.conf".